Občianske združenie NEMO má ustanovené nasledovné orgány:
1. Valné zhromaždenie
2. Prezizident
3. Revízor
Valné zhromaždenie tvoria všetci členovia združenia a je to najvyšší orgán združenia, ktorý rozhoduje o najdôležitejších otázkach.
Prezident je štatutárnym orgánom združenia, ktorý riadi jeho činnosť a koná v jeho mene. V súčasnosti je od roku 2004 za prezidenta združenia zvolený Michal Hulena. Funkčné obdobie prezidenta je štvorročné.
Revízor je kontrolným orgánom združenia, ktorý je zodpovedný za kontrolu činnosti a hospodŕenia združenia.V súčasnosti je od roku 2004 za prezidenta združenia zvolený Juraj Vaško. Funkčné obdobie revízora je štvorročné.
